พระสังฆราชยอแซฟ ชูศักดิ์ สิริสุทธิ์ ดำเนินงานร่วมกับศูนย์คุณธรรม (องค์การมหาชน) อย่างต่อเนื่องตั้งแต่ปี พ.ศ. 2548 โดยมีบทบาทสำคัญในการขับเคลื่อนการพัฒนาโรงเรียนคุณธรรมในเครือสังฆมณฑลนครราชสีมาและขยายผลสู่เครือข่ายโรงเรียนคาทอลิกภาคตะวันออกเฉียงเหนือ พร้อมทั้งร่วมพัฒนากระบวนการส่งเสริมคุณธรรมอย่างเป็นระบบ ตั้งแต่การกำหนดนโยบาย การสร้างคุณธรรมอัตลักษณ์ การติดตามประเมินผล และการขยายผลสู่เครือข่าย นอกจากนี้ ยังร่วมเป็นวิทยากร ถ่ายทอดองค์ความรู้ และแลกเปลี่ยนประสบการณ์ด้านคุณธรรม จริยธรรม ภาวะผู้นำ และศาสนสัมพันธ์ รวมถึงสนับสนุนกิจกรรมสร้างความเข้าใจระหว่างศาสนาและสังคมพหุวัฒนธรรมผ่านค่ายเยาวชนและเวทีเรียนรู้ต่าง ๆ ซึ่งสะท้อนบทบาทในการบูรณาการความร่วมมือกับศูนย์คุณธรรมและภาคีเครือข่าย เพื่อส่งเสริมคุณธรรม สร้างสันติสุข และการพัฒนาสังคม