กรมการศาสนาในฐานะฝ่ายเลขานุการคณะกรรมการส่งเสริมคุณธรรมแห่งชาติ มีบทบาทสำคัญในการขับเคลื่อนแผนแม่บทและแผนปฏิบัติการด้านการส่งเสริมคุณธรรมแห่งชาติ โดยดำเนินงานที่สอดคล้องกับพันธกิจของศูนย์คุณธรรม (องค์การมหาชน) ผ่านการส่งเสริมคุณธรรมด้านความสุจริตและจิตสาธารณะ การสร้างวัฒนธรรมองค์กรคุณธรรม การขับเคลื่อนกิจกรรมจิตอาสา การอนุรักษ์สิ่งแวดล้อม และการบูรณาการความร่วมมือกับหน่วยงานภาครัฐ องค์กรทางศาสนา และภาคีเครือข่าย เพื่อส่งเสริมและขับเคลื่อนสังคมแห่งคุณธรรม