นายแพทย์ศักดา อัลภาชน์ มีบทบาทสำคัญในการเชื่อมองค์ความรู้และเครื่องมือของศูนย์คุณธรรม (องค์การมหาชน) เข้ากับการกำหนดนโยบายและพัฒนาระบบส่งเสริมคุณธรรมของกระทรวงสาธารณสุข โดยนำผลสำรวจดัชนีชี้วัดคุณธรรมของคนไทยมาใช้วิเคราะห์สถานการณ์และกำหนดทิศทางการดำเนินงาน พร้อมประยุกต์ใช้กระบวนการองค์กรคุณธรรม ทั้งแนวทาง “ปัญหาที่อยากแก้ ความดีที่อยากทำ” การประกาศปฏิญญาคุณธรรม และการเปิดโอกาสให้บุคลากรร่วมกำหนดพฤติกรรมคุณธรรมขององค์กร ตลอดจนพัฒนาระบบ “MOPH Moral Sufficiency: คุณธรรมพอเพียง ขับเคลื่อนอย่างสร้างสรรค์” ให้สอดคล้องกับแผนปฏิบัติการด้านการส่งเสริมคุณธรรมแห่งชาติ จากการวางระบบในระดับนโยบาย ยังผลักดันให้แนวทางดังกล่าวขยายไปสู่ชมรมจริยธรรมและหน่วยงานในสังกัดทั่วประเทศ ผ่านระบบเครดิตความดี การยกย่องคนทำความดี เวทีแลกเปลี่ยนเรียนรู้ และตลาดนัดคุณธรรม ควบคู่กับการเชื่อมโยงงานองค์กรคุณธรรมเข้ากับการประเมินคุณธรรมและความโปร่งใสของหน่วยงานภาครัฐ (ITA) การทำงานของนายแพทย์ศักดาจึงไม่หยุดอยู่ที่การรณรงค์ แต่ทำให้คุณธรรมถูกนำมาใช้เป็นส่วนหนึ่งของระบบบริหารและการทำงานของบุคลากร ส่งเสริมให้กระทรวงสาธารณสุขขับเคลื่อนความสุจริต ความโปร่งใส และธรรมาภิบาลได้อย่างมีทิศทางและขยายผลได้ในวงกว้าง