บาทหลวงพัฒนะชัย อินทิรถ ดำเนินงานร่วมกับศูนย์คุณธรรม (องค์การมหาชน) มาตั้งแต่ปีการศึกษา 2558 โดยนำแนวทางโรงเรียนคุณธรรมไปประยุกต์ใช้ในการพัฒนาสถานศึกษาและองค์กรหลายแห่ง ทั้งโรงเรียนมารีพิทักษ์ โรงพยาบาลเซนต์แมรี่ ซึ่งได้รับการยกระดับสู่การเป็นโรงพยาบาลคุณธรรมต้นแบบ นอกจากนี้ยังเป็นวิทยากรถ่ายทอดองค์ความรู้ด้านคุณธรรมแก่โรงเรียนในเครือข่ายคาทอลิก รวมถึงการขยายผลคุณธรรมสู่ศูนย์ฝึกอบรมตำรวจภูธรภาค 3 ในฐานะผู้อำนวยการโรงเรียนรุ่งอรุณวิทยา บาทหลวงพัฒนะชัยได้นำกระบวนการโรงเรียนคุณธรรมมาพัฒนาโรงเรียนให้เป็นแหล่งเรียนรู้ต้นแบบ โดยเปิดโอกาสให้ผู้บริหาร ครู บุคลากร นักเรียน ผู้ปกครอง และชุมชน ร่วมคิด ร่วมทำ และร่วมรับผล พร้อมนำระบบ Moral Credit มาใช้ส่งเสริมการทำความดีและเผยแพร่ผลการดำเนินงานสู่สาธารณะ นอกจากนี้ ยังขยายแนวทางการพัฒนาโรงเรียนคุณธรรมไปยังโรงเรียนในเครือสังฆมณฑลนครราชสีมาอีก 11 แห่ง ความโดดเด่นของการทำงานจึงอยู่ที่การนำกระบวนการด้านคุณธรรมมาปรับใช้ให้เหมาะกับองค์กรที่หลากหลาย ควบคู่กับการสร้างการมีส่วนร่วมและถ่ายทอดประสบการณ์ เพื่อขยายโอกาสในการทำความดี การช่วยเหลือผู้ด้อยโอกาส การดูแลสิ่งแวดล้อม และการอยู่ร่วมกันอย่างเคารพความแตกต่างทางศาสนา